宮古島は、沖縄本島（那覇市）からおよそ３００ｋｍ、石垣島の東北東およそ１３０ｋｍの距離にあります。

地層のほとんどが隆起サンゴ礁の琉球石灰岩からなっており、砂岩と泥板岩が重なり合ったブロックで形成されています。